現階段，“醫養結合”面臨的困難還比較多。醫療機構和養老機構的建設和運轉，涉及包括土地、編制、隸屬關系、醫保報銷、藥品管理、行業資質等諸多問題，有待破解。另外，如何培養“醫養結合”人才，如何制定“醫養結合”的行業標準，也是擺在相關機構面前的新課題。
最令人擔心的是，一些人對于“醫養結合”仍然存在誤解，認為醫養結合僅僅就是把養老院和醫院合并在一起，或者是養老院里開設醫療室，醫院里設置養老病床。如果這樣做，最終將使得醫院和養老院的規模不斷擴大化，對社區的覆蓋也將日趨薄弱，脫離了“醫養結合”方便老年人的初衷。
因為，我國的養老模式是“以居家養老為基礎，社區服務為依托，機構養老為補充”。在資源分配上遵循“9064”原則，即90%的老人居家養老，6%依托社區，進入機構養老的僅為4%。換言之，居家養老而非入住養老院，是我國老人的主要養老方式。如果“醫養結合”的資源最終流入大醫院和大型養老院，將導致大部分居家養老的老人面臨養老資源和醫療資源匱乏的困境。
國家統計局北京調查總隊的統計顯示，即便在收入水平較高的北京市，在2013年，北京城鎮老人經濟來源主要依靠退休金，家庭平均月收入在4700元左右，農村老人主要依靠養老金和子女贍養，六成人家庭年收入在1萬元以下，1至2萬元之間占到兩成。去機構養老，83.1%的北京城鎮老人月承受額在3000元以下，七成以上的農村老人承受額不到千元。這樣的承受額，遠不能支付在機構養老的費用。
因此，“醫養結合”成功與否的關鍵，在于其能否在社區落實，向居家養老的老人提供“醫養結合”服務。有關部門可以通過擴充社區醫療機構的功能，使其成為既能夠提供醫療服務，也能夠提供居家養老服務的社區綜合服務機構。例如，社區綜合服務機構可以在送藥上門、陪同就醫的同時，提供上門護理、日間照料等服務。并且，應當鼓勵更多社會資本進入“醫養結合”領域，并通過政府購買服務的模式降低老年人的支出。
隨著城鄉居民家庭日趨小型化，老年人口贍養比正在不斷增加，盡快完善覆蓋城鄉的“醫養結合”體系，留給有關方面的時間已經不多了。