3月16日，北京市人民政府印發《北京市城市公立醫院綜合改革實施方案》（下稱《方案》），行政區域內所有三級、二級、一級公立醫院均被納入改革范圍。
對于醫務人員最為關注的編制問題，文件給出了答案。《方案》提出，北京市將探索實行編制備案制和不納入編制管理，推進醫務人員從“單位人”向“社會人”轉變。與編制管理相關的財政經費、養老保險、戶籍管理、出國交流、住房補貼等政策也將同步調整。
對于醫務人員關心的薪酬問題，《方案》提出，北京市將強化醫務人員績效考核，完善相關政策并重點向臨床一線、業務骨干、關鍵崗位以及支援基層和有突出貢獻的人員傾斜；在工資總額下，對關鍵崗位、知名專家等可以采取協議工資、項目工資等靈活多樣的收入分配方式。
除此之外，《方案》列出了2016年北京市城市公立醫院改革的各項重點工作。
1）2016至2017年，著力推動市區兩級政府落實辦醫責任，促進各公立醫院辦醫主體落實責任。
2）2016年，重點完善北京友誼醫院、北京朝陽醫院法人治理運行機制。2017年，著力在北京兒童醫院、清華長庚醫院等醫院探索多種法人治理模式。
3）2016年，對三級醫院開展巡查工作，公布二級及以上公立醫院相關信息。
4）2016年，研究制定加強公立醫院綜合預算管理指導意見。
5）2016年，出臺全市公立醫院醫藥分開實施方案，取消藥品加成(中藥飲片除外)，建立公立醫院醫藥分開的運行新機制。改革醫院藥事管理制度，探索建立總藥師制度，開展處方負面清單管理和處方點評。
6）2016年，完成化學藥品和生物制品的陽光采購，啟動中成藥陽光采購。
7）2016年，市衛生計生委、市財政局、市醫院管理局等單位共同研究制定市屬公立醫院設備配置標準，編制配置目錄。
8）2016年，按照醫藥衛生體制改革總體要求，在執行《全國醫療服務項目規范》(2012年版)基礎上，統籌研究本市醫療服務價格改革方案。
9）2016年，完善醫保基金總額預算制度；出臺加快商業健康保險發展的實施意見；出臺深化醫保支付方式改革實施方案，積極推進按疾病診斷相關組(DRGs)付費、門診付費方式等改革并擴大政策覆蓋面；推動藥品支付方式改革；推進全市定點醫療機構之間患者用藥信息共享，將監管范圍由醫療機構延伸至科室和醫務人員醫療行為。
10）2016年，重點落實事業單位養老保險改革及工資調整政策，保障市屬、區屬公立醫院養老保險改革順利實施；在試點醫院探索實行工作人員額度管理。
11）2016年，制定北京市公立醫院績效考核與評價指標體系，建立年中和年底綜合考評工作機制；在國家公立醫院薪酬制度改革框架下，制定市屬、區屬公立醫院薪酬分配辦法，加強對公立醫院薪酬規范管理，嚴肅收入分配紀律；在市屬、區屬公立醫院開展醫院負責人年薪制試點，年薪由公共財政予以保障，與醫院收入水平脫鉤。
12）2016年，出臺醫療衛生服務體系規劃、醫療機構設置規劃、醫療機構床位調控、加強康復醫療護理服務體系建設等方面的指導性文件，研究制定引導中醫院發展的指導意見。
13）2016至2017年，積極推進京津冀醫療衛生協同發展，落實與河北省張家口、唐山、保定、承德等城市的醫療衛生領域合作。
14）2016年，出臺以特許經營方式開展與社會資本合作的指導意見，落實鼓勵社會辦醫的有關政策措施。2016至2017年，推進北京安貞醫院國際醫院特許經營項目、北京友誼醫院順義院區PPP試點項目建設；支持社會辦醫療機構加入醫療聯合體。
15）2016年，出臺糖尿病、高血壓、冠心病、腦卒中4種病的分級診療指導意見和基本規范，開展以上病種的分級診療試點；推進醫療聯合體試點，形成醫療、醫保、價格、財政、人事薪酬政策聯動效應，提升基層醫療服務能力；制定相應的轉診標準，完善醫保支付政策；預約轉診量占公立醫院門診就診量的比例提高到20%以上，減少三級醫院普通門診就診人次。
16）2016年，對新進醫療崗位的本科及以上學歷臨床醫師進行住院醫師規范化培訓；啟動專科醫師培訓工作，出臺專科醫師規范化培訓試點方案，積極擴大全科及兒科、精神科等急需緊缺專業的培訓規模，試點開展急診專科醫師資格認定工作。
17）2016年，啟動臨床重點專科評審工作，制定本市重點專科建設管理辦法，在領先學科、專科領域建設轉化醫學中心，開展科技成果處置、使用和收益分配管理方式改革，出臺加快推進醫療衛生機構科技成果轉化和產業化的若干意見。
18）2016年，搭建互聯互通的醫療衛生信息化支撐體系，推進二級以上公立醫院與區域人口健康信息平臺對接，與國家藥品電子監管系統對接并積極開展藥品電子監管碼核注核銷；區級人口健康信息平臺全部建成，由區政府實施管理。